Festningsanleggene i Stavern stammer fra 1680-årene, da Citadellet ble bygget for å beskytte denne kyststrekningen. Under Den store nordiske krigen tidlig på 1700-tallet fungerte havnen som base for den legendariske sjøoffiseren Tordenskiold og hans flåte. Det var herfra han satte i gang det toktet som gjorde ham berømt: 8. juli 1716 seilte Tordenskiold over Skagerrak og inn i Dynekilen-fjorden på den svenske kysten nær Strömstad, med bare syv skip, og ødela eller erobret rundt 30 svenske transportfartøy, noe som avskar forsyningslinjen til den svenske beleiringen av Fredrikshald.
Slaget, kjent som Dynekilslaget, feires fremdeles i Stavern snarere enn på selve slagstedet i Sverige: festningen var Tordenskiolds hjemmehavn, og foreningen «Tordenskiolds Soldater», som har hatt tilhold her siden 1991, arrangerer en fullstendig gjenskapelse av slaget annethvert år, der havnen og festningsverkene brukes som erstatning for den svenske fjorden. I 1750 beordret kong Fredrik V byggingen av Fredriksvern, Norges første spesialbygde marineverft, og i løpet av det neste århundret ble mer enn femti krigsskip sjøsatt fra dets slipper.
Etter at Sjøforsvaret flyttet sin hovedbase til Horten på 1830-tallet, fortsatte Fredriksvern i ulike militære roller: det fungerte som luftforsvarets akademi frem til 2002. I dag huser de velbevarte bygningene fra 1700-tallet museer, gallerier og utdanningsinstitusjoner, blant annet politihøgskolen og brannhøgskolen. Den gamle garnisonkirken fra 1756 står fortsatt.
Etter at Sjøforsvaret flyttet sin hovedbase til Horten på 1830-tallet, fortsatte Fredriksvern i ulike militære roller: det fungerte som luftforsvarets akademi frem til 2002. I dag huser de velbevarte bygningene fra 1700-tallet museer, gallerier og utdanningsinstitusjoner, blant annet politihøgskolen og brannhøgskolen. Den gamle garnisonkirken fra 1756 står fortsatt.
